Anis Djari

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Anis DJARI Bioinformatics Engineer

 

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Scientific Career

 

 

  Expertise:

  • Omics data analysis, especially from new “Generation Sequencing”

  • Analysis pipeline building

  • Software development

  • Data management

Publications

2015

  • P.-F. Roux · L. Fresard · M. Boutin · S. Leroux · C. Klopp · A. Djari · D. Esquerre · P. G. P. Martin · T. Zerjal · D. Gourichon · F. Pitel · S. Lagarrigue. The Extent of mRNA Editing Is Limited in Chicken Liver and Adipose, but Impacted by Tissular Context, Genotype, Age and Feeding as Exemplified with a Conserved Edited Site in COG3. Dec 2015 · G3-Genes Genomes Genetics 
  • Mekki Boussaha · Diane Esquerré · Johanna Barbieri · Anis Djari · Alain Pinton · Rabia Letaief · Gérald Salin · Frédéric Escudié · Alain Roulet · Sébastien Fritz · Franck Samson · Cécile Grohs · Maria Bernard · Christophe Klopp · Didier Boichard · Dominique Rocha. Genome-Wide Study of Structural Variants in Bovine Holstein, Montbéliarde and Normande Dairy Breeds. Sep 2015 · PLoS ONE 
  • Laure Frésard · Sophie Leroux · Pierre-Franc Roux · Christophe Klopp · Stéphane Fabre · Diane Esquerré · Patrice Dehais · Anis Djari · David Gourichon · Sandrine Lagarrigue · Frédérique Pitel. Genome-Wide Characterization of RNA Editing in Chicken Embryos Reveals Common Features among Vertebrates. May 2015 · PLoS ONE.   
  • P.-F. Roux · L. Fresard · M. Boutin · S. Leroux · C. Klopp · A. Djari · D. Esquerre · P. G. P. Martin · T. Zerjal · D. Gourichon · F. Pitel · S. Lagarrigue. The Extent of mRNA Editing Is Limited in Chicken Liver and Adipose, but Impacted by Tissular Context, Genotype, Age and Feeding as Exemplified with a Conserved Edited Site in COG3. Dec 2015 · G3-Genes Genomes Genetics
  • Mekki Boussaha · Diane Esquerré · Johanna Barbieri · Anis Djari · Alain Pinton · Rabia Letaief · Gérald Salin · Frédéric Escudié · Alain Roulet · Sébastien Fritz · Franck Samson · Cécile Grohs · Maria Bernard · Christophe Klopp · Didier Boichard · Dominique Rocha.Genome-Wide Study of Structural Variants in Bovine Holstein, Montbéliarde and Normande Dairy Breeds.  Sep 2015 · PLoS ONE
  • Laure Frésard · Sophie Leroux · Pierre-Franc Roux · Christophe Klopp · Stéphane Fabre · Diane Esquerré · Patrice Dehais · Anis Djari · David Gourichon · Sandrine Lagarrigue · Frédérique Pitel.  Genome-Wide Characterization of RNA Editing in Chicken Embryos Reveals Common Features among Vertebrates. May 2015 · PLoS ONE
  • Camille Meslin · Colette Desert · Isabelle Callebaut · Anis Djari · Christophe Klopp · Frédérique Pitel · Sophie Leroux · Pascal Martin · Pascal Froment · Edith Guilbert · Florence Gondret · Sandrine Lagarrigue · Philippe Monget. Expanding Duplication of Free Fatty Acid Receptor-2 (GPR43) Genes in the Chicken Genome.  Apr 2015 · Genome Biology and Evolution.
  • Damian Smedley · Syed Haider · Steffen Durinck · Luca Pandini · Paolo Provero · James Allen · Olivier Arnaiz · Mohammad Hamza Awedh · Richard Baldock · Giulia Barbiera · [...] · Elia Stupka · Jon W Teague · Abu Z Dayem Ullah · Jun Wang · Doreen Ware · Marie Wong-Erasmus · Ken Youens-Clark · Amonida Zadissa · Shi-Jian Zhang · Arek Kasprzyk.  The BioMart community portal: an innovative alternative to large, centralized data repositories. · Apr 2015 · Nucleic Acids Research
  • Pierre-François Roux · Simon Boitard · Yuna Blum · Brian Parks · Alexandra Montagner · Etienne Mouisel · Anis Djari · Diane Esquerré · Colette Désert · Morgane Boutin · [...] · Frédéric Lecerf · Elisabeth Le Bihan-Duval · Christophe Klopp · Bertrand Servin · Frédérique Pitel · Michel Jean Duclos · Hervé Guillou · Aldons J Lusis · Olivier Demeure · Sandrine Lagarrigue . Combined QTL and Selective Sweep Mappings with Coding SNP Annotation and cis-eQTL Analysis Revealed PARK2 and JAG2 as New Candidate Genes for Adiposity Regulation. Feb 2015 · G3-Genes Genomes Genetics
  • Laure FRESARD · Sophie Leroux · Pierre-François Roux · Christophe Klopp · Stéphane Fabre · Diane Esquerre · Patrice Dehais · Anis Djari · David Gourichon · Sandrine Lagarrigue · Frederique Pitel. Genome-Wide Characterization of RNA Editing in Chicken Embryos Reveals Common Features among Vertebrates. Jan 2015 · PLoS ONE
Conference Paper
  • Pierre-François Roux · Simon Boitard · Anne Blum · Brian Parks · Alexandra Montagner · Etienne Mouisel · Anis Djari · Diane Esquerre · Colette Désert · Morgane Boutin · [...] · Frederic Lecerf · Elisabeth Duval · Christophe Klopp · Bertrand Servin · Frederique Pitel · Michel Duclos · Hervé Guillou · Aldons J. Lusis · Olivier Demeure · Sandrine Lagarrigue. La combinaison de cartographie de signatures de sélection, de re-séquençage de génomes et d'analyses d'expression révèle PARK2 et JAG2 comme nouveaux genes candidats régulant l'adiposité. Conference Paper · Mar 2015

2014

  • P. F. Roux · Sylvain Marthey · Anis Djari · Marco Moroldo · Diane Esquerre · J. Estellé · Christophe Klopp · Sandrine Lagarrigue · Olivier Demeure. Comparison of whole-genome (13X) and capture (87X) resequencing methods for SNP and genotype callings.  Dec 2014 · Animal Genetics

  • Pierre-François Roux · Morgane Boutin · Colette Désert · Anis Djari · Diane Esquerré · Christophe Klopp · Sandrine Lagarrigue · Olivier Demeure. Re-Sequencing Data for Refining Candidate Genes and Polymorphisms in QTL Regions Affecting Adiposity in Chicken.  Oct 2014 · PLoS ONE

  • Hans D Daetwyler · Aurélien Capitan · Hubert Pausch · Paul Stothard · Rianne van Binsbergen · Rasmus F Brøndum · Xiaoping Liao · Anis Djari · Sabrina C Rodriguez · Cécile Grohs · [...] · Charlotte Anderson · Curt P VanTassell · Ina Hulsegge · Mike E Goddard · Bernt Guldbrandtsen · Mogens S Lund · Roel F Veerkamp · Didier A Boichard · Ruedi Fries · Ben J Hayes · Whole-genome sequencing of 234 bulls facilitates mapping of monogenic and complex traits in cattle. Jul 2014 · Nature Genetics
  • Coline Billerey · Mekki Boussaha · Diane Esquerré · Emmanuelle Rebours · Anis Djari · Cédric Meersseman · Christophe Klopp · Daniel Gautheret · Dominique Rocha. Identification of large intergenic non-coding RNAs in bovine muscle using next-generation transcriptomic sequencing. Jun 2014 · BMC Genomics
  • Jérôme Mariette · Céline Noirot · Ibounyamine Nabihoudine · Philippe Bardou · Claire Hoede · Anis Djari · Cédric Cabau · Christophe Klopp.  RNAbrowse: RNA-Seq de novo assembly results browser. May 2014 · PLoS ONE
  • Laure FRESARD · Sophie Leroux · Pierre-François Roux · Christophe Klopp · Stéphane Fabre · Diane Esquerre · Patrice Dehais · Anis Djari · David Gourichon · Sandrine Lagarrigue · Frederique Pitel. Genome-wide characterization of RNA editing in chicken: lack of evidence for non-A-to-I events. Jan 2014

Conference Paper
  • Aurlien Capitan · Pauline Michot · Franois Guillaume · Ccile Grohs · Anis Djari · Sebastien Fritz · Sarah Barbey · Pauline Otz · Emmanuelle Bourneuf · Dominique Rocha · Diane Esquerr · Yves Gallard · Christophe Klopp · Didier Boichard. Rapid Discovery of Mutations Responsible for Sporadic Dominant Genetic Defects in Livestock Using Genome Sequence Data: Enhancing the Value of Farm Animals as Model Species. Conference Paper · Aug 2014

 

  • Pierre-François Roux · Simon Boitard · Anis Djari · Diane Esquerre · Colette Désert · Morgane Boutin · Sylvain Marthey · Frederic Lecerf · Elisabeth Duval · Christophe Klopp · Bertrand Servin · Frederique Pitel · Michel Duclos · Marco Moroldo · Olivier Demeure · Sandrine Lagarrigue. Combining Genetics Mapping, Selective Sweeps, Genome Re-Requencing and Allele Specific Expression Reveals Several Serious Causative Genes for QTL Regions. Conference Paper · Jan 2014

 

2013

  • Sébastien Fritz · Aurelien Capitan · Anis Djari · Cecile Grohs · Mekki Boussaha · Aurélia Baur · Anne Barbat · Rachel Lefebvre · Diane Esquerre · Christophe Klopp · Dominique Rocha · Didier Boichard. Identification de QTL associés à de la mortalité embryonnaire chez les bovins laitiers.  Dec 2013.
  • Pierre-François Roux · Simon Boitard · Anis Djari · Diane Esquerre · Sylvain Marthey · Colette Désert · Frederic Lecerf · Elisabeth Duval · Pascal Martin · Christophe Klopp · Marco Moroldo · Bertrand Servin · Olivier Demeure · Sandrine Lagarrigue. Selective sweeps using hapFLK combined with genome re-sequencing data reveals strong candidate mutations in QTL regions in divergent chicken lines. Conference Paper · Sep 2013
  • Irene VAN DEN BERG · Sebastien Fritz · Anis Djari · Diane Esquerre · Christophe Klopp · Dominique Rocha · Didier Boichard. Concordance analysis: from QTL to candidate causative mutations. Aug 2013
  • Sébastien Fritz • Aurelien Capitan • Anis Djari • Sabrina C Rodriguez • Anne Barbat • Aurélia Baur • Cécile Grohs • Bernard Weiss • Mekki Boussaha • Diane Esquerré • Christophe Klopp • Dominique Rocha • Didier Boichard. Detection of Haplotypes Associated with Prenatal Death in Dairy Cattle and Identification of Deleterious Mutations in GART, SHBG and SLC37A. Jun 2013, PLoS ONE.
  • Aurélie Allais-Bonnet • Cécile Grohs • Ivica Medugorac • Stefan Krebs • Anis Djari • Alexander Graf • Sébastien Fritz • Doris Seichter • Aurélia Baur • Ingolf Russ • [...] • Michel Fouchet • Laurent Journaux • Carine Bernard-Capel • Claire Ponsart • André Eggen • Helmut Blum • Yves Gallard • Didier Boichard • Eric Pailhoux • Aurélien Capitan. Novel Insights into the Bovine Polled Phenotype and Horn Ontogenesis in Bovidae. May 2013 • PLoS ONE
  • Anis Djari • Diane Esquerré • Bernard Weiss • Frédéric Martins • Cédric Meersseman • Mekki Boussaha • Christophe Klopp • Dominique Rocha. Gene-based single nucleotide polymorphism discovery in bovine muscle using next-generation transcriptomic sequencing
  • Irene VAN DEN BERG • Sebastien Fritz • Anis Djari • Diane Esquerre • Christophe Klopp • Dominique Rocha • Didier Boichard. Concordance analysis: from QTL to candidate causative mutations . Aug 2013
Conference Paper
  • Pierre-François Roux · Yuna Blum · Colette Désert · Anis Djari · Diane Esquerre · Elisabeth Le Bihan-Duval · Bertrand Bed'Hom · Pascale Le Roy · Frederic Lecerf · Marco Moroldo · Sylvain Marthey · Christophe Klopp · Sandrine Lagarrigue · Olivier Demeure. Identification of candidate polymorphism in a QTL region by combining eQTL mapping with NGS data. Conference Paper · Aug 2013.
  • Pierre-François Roux • Simon Boitard • Anis Djari • Diane Esquerre • Sylvain Marthey • Colette Désert • Frederic Lecerf • Elisabeth Duval • Pascal Martin • Christophe Klopp • Marco Moroldo • Bertrand Servin • Olivier Demeure • Sandrine Lagarrigue.  Selective sweeps using hapFLK combined with genome re-sequencing data reveals strong candidate mutations in QTL regions in divergent chicken lines. Conference Paper • Sep 2013
  • Pierre-François Roux • Yuna Blum • Colette Désert • Anis Djari • Diane Esquerre • Elisabeth Le Bihan-Duval • Bertrand Bed'Hom • Pascale Le Roy • Frederic Lecerf • Marco Moroldo • Sylvain Marthey • Christophe Klopp • Sandrine Lagarrigue • Olivier Demeure. Identification of candidate polymorphism in a QTL region by combining eQTL mapping with NGS data
  • Pierre-François Roux • Frederic Lecerf • Anis Djari • Diane Esquerre • Sylvain Marthey • Tatiana Zerjal • Elisabeth Le Bihan-Duval • Christophe Klopp • Marco Moroldo • Jordi Estelle • Colette Désert • Bertrand Bed'Hom • Michèle Tixier Boichard • Olivier Demeure • Sandrine Lagarrigue. Using NGS data to characterize genetics of meat-type and egg-type chicken lines. Conference Paper • Aug 2013
  • Sebastien Fritz • Aurelien Capitan • Anis Djari • Sabrina C Rodriguez • Anne Barbat • Aurlia Baur • Ccile Grohs • Bernard Weiss • Mekki Boussaha • Diane Esquerr • Christophe Klopp • Dominique Rocha • Didier A. Boichard. Identification of Five Novel Mutations Responsible for Prenatal Mortality in Dairy Cattle. Conference Paper • Jan 2013
  • Pierre-Francois Roux • Simon Boitard • Anis Djari • Diane Esquerre • Colette Desert • Morgane Boutin • Sylvain Marthey • Frederic Lecerf • Elisabeth Lebihan • Christophe Klopp • Frederique Pitel • Bertrand Servin • Michel Duclos • Marco Moroldo • Olivier Demeure • Sandrine Lagarrigue. Combining Genetics Mapping, Selective Sweeps, Genome Re-Sequencing and Allele Specific Expression Reveals Several Serious Candidate Genes for QTL Region.

2012

Conference Paper
  • Didier A. Boichard • Olivier Bouchez • Aurelien Capitan • Anis Djari • Diane Esquerr • Sbastien Fritz • Ccile Grohs • Christophe Klopp • Sabrina C Rodriguez • Bernard Weiss • Dominique Rocha. Large-Scale Identification of the Causative Genetic Variants Influencing Traits of Economic Interest in French Dairy Breeds . Conference Paper • Jan 2012